1. rmarkdwon과 knitr을 사용한 R 마크다운 문서 작성

(1) 개관

마크다운(markdwon)
- 정의: 문서 생성 및 formatting을 위한 마크업(markup) 언어.
- rmarkdown 패키지
  - 텍스트, R 코드, R 코드 결과물을 통합하여 다양한 형식([EX] HTML, MS 워드, PDF 등)의 문서로 만들어줌.
  - R 마크다운 문서(R markdown document, 이하 Rmd)
    - R 스크립트보다 훨씬 가독성이 높고, 다양한 정보를 포함할 수 있음.
    - YAML 메타데이터/제목, 텍스트, 코드 덩이(code chunk)로 구성됨.

[그림 1] R을 통해 생성할 수 있는 다양한 문서 결과물의 형태

R 마크다운의 장점
- 재현가능성(reproducible): 독립적 연구자가 새로운 데이터로 동일한 절차를 사용하여 동일한 결과를 재생성할 수 있도록 하는 데 충분한 정보(데이터와 코드)를 제공할 수 있다면, 해당 연구결과는 재현가능하다고 간주할 수 있음.
- 협업 가능성(collaborative): 동료들과 연구(데이터와 코드)를 공유하고 함께 수행 가능.
- 효율성(efficient): 출력을 자동적으로 생성하고 업데이트할 수 있음([EX] HTML, MS 워드, PDF 등).

[그림 2] R 마크다운 가이드

출처: https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf
knitr 패키지
- 마크다운 문법에 바탕을 둔 R 마크다운 문서가 완성되면, 해당 문서는 knitr 패키지를 통해 렌더링(rendering)됨.
- R 코드 입력, R 코드 출력, 플롯, 경고문, 메시지, 에러 등을 문서에 모두 나타낼 수 있음.
- 다양한 옵션을 통해 그래픽을 융통성 있게 제시 가능: 플롯의 너비와 높이, 위치, 출력 개수 등.
- 문서생성 절차(render 함수의 기능)
  1. Rmd 파일 $\rightarrow$ knitr리 코드 덩이를 실행하고 새로운 마크다운(.md) 문서를 생성.
  2. md 파일 $\rightarrow$ pandoc이라는 최종 포맷을 생성하는 프로그램의 처리를 거침.
  3. 지정된 포맷([EX] HTML, PDF, MS Word) 문서 출력.

[그림 3] 렌더링을 통해 R 마크다운(Rmd) 파일을 HTML 문서로 변환하기

주요 리소스
- R Markdown: The Definitive Guide: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/
- RStudio Lessons: https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html

[그림 4] Rmd 렌더링 흐름도

(2) 주요 패키지 및 소프트웨어 설치하기

# R 마크다운 관련 패키지 설치하기.
package.vec <- c("lubridate",
                 "knitr", "rmarkdown", "markdown", "bookdown", "caTools", "bitops"
                 )
install.packages(package.vec)

PDF 문서 렌더링을 하려면 LaTeX 프로그램이 설치되어 있어야 함.
- 윈도우 설치: miktex.
- 패키지 설치: tinytex::install_tinytex().

(3) R 마크다운 문서(Rmd) 생성

문서유형: HTML, PDF, MS Word.
템플릿
- R 제공 템플릿.
- 커스텀 템플릿.

[그림 5] Rmd 템플릿 선택하기

(4) 기본 문법

A. 제목 텍스트

해시태그 #를 하나씩 덧붙일 때마다 수준이 내려감.
# 제목 1, ## 제목 2, ## 제목 3…

B. 단순 텍스트

단순 텍스트: YAML 제목 밑에 텍스트를 써서 붙이면 됨. 새로운 단락을 시작하려면 줄바꿈을 하거나, 텍스트 라인 뒤에 스페이스를 2개 두면 됨.

C. 볼드체와 이탤릭체

볼드
- 텍스트 양쪽에 별표(*)를 두 개 붙임.
- 텍스트 양쪽에 언더바(_)를 두 개 붙임.
이탤릭체
- 텍스트 양쪽에 별표(*)를 한 개 붙임.
- 텍스트 양쪽에 언더바(_)를 한 개 붙임.

[그림 6] 볼드체와 이탤릭체 적용하기

D. 리스트

순서를 매기지 않은 리스트
- 별표 하나(*) & 스페이스 뒤에 텍스트를 붙이면 됨.
- 하위 목록은 탭 1개 또는 스페이스 2개 & 더하기(+) 또는 빼기(-) 기호 & 스페이스 뒤에 텍스트를 붙이면 됨.

[그림 7] 순서를 매기지 않은 리스트 적용하기

순서를 매긴 리스트
- 숫자 & 마침표(.) & 스페이스 뒤에 텍스트를 붙이면 됨.
- 숫자를 매기지 않은 하위 목록을 추가하려면, 탭 1개 또는 스페이스 2개 & 더하기(+) 또는 빼기(-) 기호 & 스페이스 뒤에 텍스트를 붙이면 됨.

[그림 7] 순서를 매기지 않은 리스트 적용하기

E. 문서 내 섹션 링크

문서 내 섹션으로 가는 링크를 만들려면 사각괄호([]) 안에 섹션의 이름을 넣으면 됨. 링크를 클릭하면 해당 섹션으로 가게 됨.

[1.rmarkdwon과 knitr을 사용한 R 마크다운 문서 작성]

[1. rmarkdwon과 knitr을 사용한 R 마크다운 문서 작성]

F. 하이퍼링크

URL을 그대로 복붙하기.
링크를 텍스트 안에 숨기려면 사각괄호([]) 안에 텍스트를 넣고, 둥근 괄호() 안에 URL을 넣으면 됨.

[수업자료 깃허브 저장소](https://github.com/cognitivepsychology/data_science_for_psycholinguistics)

수업자료 깃허브 저장소

G. 이미지 삽입

느낌표(!) 뒤에 사각괄호를 붙인 뒤 [] 둥근 괄호() 안에 이미지 파일 경로를 넣으면 됨.

![](images/week12/rmarkdown.png)

[그림 8] rmarkdown 패키지 심볼 이미지

![이미지용 캡션](images/week12/rmarkdown.png)

[그림 9] rmarkdown 패키지 심볼 이미지에 캡션 달기

이미지용 캡션

![이미지용 캡션](images/week12/rmarkdown.png){width=100px}

[그림 11] rmarkdown 패키지 심볼 이미지에 사이즈 설정하기

이미지용 캡션

<center> ![이미지용 캡션](images/week12/rmarkdown.png){width=100px} </center>

[그림 12] rmarkdown 패키지 심볼 이미지 위치 선정하기

이미지용 캡션

G. 인용

1) 블록 인용(blockquote)

텍스트 앞뒤로 한 행씩 띄운 뒤, > & 스페이스 다음에 인용할 텍스트를 넣으면 됨.

텍스트 블록 인용.

2) 단순 인용

텍스트 앞 뒤로 백팁 세 개(```) 이상을 넣으면 됨.

텍스트 단순 인용.

G. 기타

1) 수학 기호 삽입

문장 밖에 수식을 입력하는 경우: $$를 수식 앞뒤로 붙이기.

\[y=x^2\]

문장 안에 수식을 입력하는 경우: $를 수식 앞뒤로 붙이기.

문장 안에 수식 $4=2 \times 2$을 넣기.

2) 글자에 색상 입히기(HTML 문서 한정)

<span style="color: 색상명">와 </span> 사이에 텍스를 넣으면 됨.

[EX] 장미는 <span style="color: red">**빨간색**</span>이고, 제비꽃은 <span style="color: blue">파란색</span>이다.

[EX] 장미는 빨간색이고, 제비꽃은 파란색이다.

(5) YAML 메타데이터

YAML(Yet Another Multicolumn Layout)
- 문서의 맨앞에 배치.
- 문서의 메타정보([EX 제목(title), 저자(author), 날짜(date), 출력 모수(output) 등을 설정.

A. 문서의 제목

title: "내 문서의 제목": 문서 맨 앞에 큰 서체로 내가 설정한 제목이 나오게 됨.
subtitle: "내 문서의 하위제목": 문서 맨 앞에 제목보다 작은 서체로 내가 설정한 하위제목이 나오게 됨.

B. 저자

author: "내 이름": 제목 밑에 제시.

C. 날짜

고정된 날짜: date: "2022년 5월 23일 화요일": 저자 밑에 제시.
날짜 업데이트: 문서를 렌더링할 때마다 날짜를 수시로 업데이트하고자 할 경우, date: "`\r Sys.Date()`"

D. 목차

toc: true로 지정하면 고정된 목차가 생성됨.
toc_float: true로 지정하면 유동적 목차가 생성됨.

E. 테마

theme: 테마명: 테마 갤러리에서 고를 수 있음.
css: 파일명.css: HTML 스타일(서체 유형, 색상, 크기 등) 설정 가능.
mainfont: 서체이름: 문서 메인 서체 설정 가능.

F. 코드 접기

code_folding: show: 해당 정보를 추가하면 출력 시 코드를 보여줌.
code_folding: hide: 해당 정보를 추가하면 출력 시 코드를 가려줌.

G. 출력(output)

출력 관련 논항
- html_document
- html_notebook
- pdf_document
- word_document
Knit 버튼 옵션
- Knit to HTML
- Knit to PDF
- Knit to Word
Knit 버튼 옵션 중 하나를 클릭하면 YAML 메타데이터가 자동으로 업데이트됨.
두 가지 이상의 문서 유형을 동시에 렌더링 가능.
- word_document: default
- html_document: default
- pdf_document: default

(6) 코드 덩이

A. 코드 덩이 입력

소스창에서 Ctrl + Alt + I를 누르거나, ```{r} 코드 덩이 ```을 입력하면 코드 덩이를 삽입할 수 있음.

B. 옵션

name: {r my_code_chunk_name} 형식으로 설정 가능. 굳이 넣지 않아도 됨.
echo: 렌더링 후 코드가 출력문서에 제시됨(default = TRUE).
eval: 해당 코드를 실행함(default = TRUE).
이미지 관련 옵션
- fig.width, fig.height: 해당 코드 덩이를 통해 생성되는 이미지([EX] 플롯, 지도 등)의 사이즈 설정. [EX] fig.width = 10, fig.height = 3
- fig.align: 이미지의 위치 설정. left, right, center 중 선택. [EX] fig.align = center)
- fig.cap: 이미지의 캡션 설정. fig.cap = "Iris 데이터셋의 산점도"

```{r,iris_data, fig.width = 10, fig.height = 3, fig.align = "center", fig.cap = "Iris 데이터셋의 산점도", echo=T}

2 + 2

## [1] 4

library(tidyverse)

## -- Attaching packages --------------------------------------- tidyverse 1.3.1 --

## v ggplot2 3.3.5     v purrr   0.3.4
## v tibble  3.1.6     v dplyr   1.0.7
## v tidyr   1.1.3     v stringr 1.4.0
## v readr   2.0.1     v forcats 0.5.1

## -- Conflicts ------------------------------------------ tidyverse_conflicts() --
## x dplyr::filter() masks stats::filter()
## x dplyr::lag()    masks stats::lag()

data(iris)
ggplot(iris, aes(Sepal.Length, Sepal.Width, color = Species)) +
  geom_point()

Iris 데이터셋의 산점도

```

message: 렌더링 후 메시지가 출력문서에 제시됨(default = TRUE).
- message=T로 설정한 경우

```{r,iris_data_1, echo=T, message=T}

# car 패키지 불러오기.
library(car)

## 필요한 패키지를 로딩중입니다: carData

## 
## 다음의 패키지를 부착합니다: 'car'

## The following object is masked from 'package:dplyr':
## 
##     recode

## The following object is masked from 'package:purrr':
## 
##     some

```

message=F로 설정한 경우

```{r,iris_data_2, echo=T, message=F}

# psych 패키지 불러오기.
library(psych)

```

include: 렌더링 시 해당 코드를 실행한 후 문서에 제시함(default = TRUE).
- include=T로 설정한 경우

```{r,iris_data_3, fig.width = 10, fig.height = 3, fig.align = "right", fig.cap = "Iris 데이터셋의 산점도", echo=T, include=T}

4 + 4

## [1] 8

ggplot(iris, aes(Petal.Length, Petal.Width, color = Species)) +
  geom_point()

Iris 데이터셋의 산점도

```

include=F로 설정한 경우: 코드와 결과 모두 제시되지 않음.
error: 렌더링 후 에러 메시지가 출력문서에 제시됨(default = FALSE).
collapse: 출력 블록과 소스 코드 블록 간에 공간을 둠(default = FALSE).
- collapse=T로 설정한 경우

```{r,math_1, eva=T, echo=T, include=T, collapse=T}

1+1
## [1] 2
1:10
##  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

```

collapse=F로 설정한 경우: 출력과 코드가 하나의 블록 안에 제시됨.

```{r,math_2, eva=T, echo=T, include=T, collapse=F}

1+1

## [1] 2

1:10

##  [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

```

results: 출력을 제시하는 방식 설정(default = markup).
- asis: 표 결과물 출력.
- hide: 모든 출력 제시하지 않음.
- hold: 모든 코드 밑에 출력 제시.
- FALSE: 텍스트 출력 제시하지 않음.
표 넣기: knitr 패키지의 kable 함수 사용.

```{r,mtcars, eval=T, echo=T, results = "asis"}

knitr::kable(mtcars[, 1:5], caption = "**<표 1> mtcars 데이터셋 표**")

**<표 1> mtcars 데이터셋 표**
	mpg	cyl	disp	hp	drat
Mazda RX4	21.0	6	160.0	110	3.90
Mazda RX4 Wag	21.0	6	160.0	110	3.90
Datsun 710	22.8	4	108.0	93	3.85
Hornet 4 Drive	21.4	6	258.0	110	3.08
Hornet Sportabout	18.7	8	360.0	175	3.15
Valiant	18.1	6	225.0	105	2.76
Duster 360	14.3	8	360.0	245	3.21
Merc 240D	24.4	4	146.7	62	3.69
Merc 230	22.8	4	140.8	95	3.92
Merc 280	19.2	6	167.6	123	3.92
Merc 280C	17.8	6	167.6	123	3.92
Merc 450SE	16.4	8	275.8	180	3.07
Merc 450SL	17.3	8	275.8	180	3.07
Merc 450SLC	15.2	8	275.8	180	3.07
Cadillac Fleetwood	10.4	8	472.0	205	2.93
Lincoln Continental	10.4	8	460.0	215	3.00
Chrysler Imperial	14.7	8	440.0	230	3.23
Fiat 128	32.4	4	78.7	66	4.08
Honda Civic	30.4	4	75.7	52	4.93
Toyota Corolla	33.9	4	71.1	65	4.22
Toyota Corona	21.5	4	120.1	97	3.70
Dodge Challenger	15.5	8	318.0	150	2.76
AMC Javelin	15.2	8	304.0	150	3.15
Camaro Z28	13.3	8	350.0	245	3.73
Pontiac Firebird	19.2	8	400.0	175	3.08
Fiat X1-9	27.3	4	79.0	66	4.08
Porsche 914-2	26.0	4	120.3	91	4.43
Lotus Europa	30.4	4	95.1	113	3.77
Ford Pantera L	15.8	8	351.0	264	4.22
Ferrari Dino	19.7	6	145.0	175	3.62
Maserati Bora	15.0	8	301.0	335	3.54
Volvo 142E	21.4	4	121.0	109	4.11

```

언어심리학을 위한 데이터 사이언스 12주차: 데이터 사이언스 #5 (재현가능 연구)

고려대학교 일반대학원 심리학과

2022년 5월 23일 월요일 5-6교시

1. rmarkdwon과 knitr을 사용한 R 마크다운 문서 작성

(1) 개관

(2) 주요 패키지 및 소프트웨어 설치하기

(3) R 마크다운 문서(Rmd) 생성

(4) 기본 문법

A. 제목 텍스트

B. 단순 텍스트

C. 볼드체와 이탤릭체

D. 리스트

E. 문서 내 섹션 링크

F. 하이퍼링크

G. 이미지 삽입

G. 인용

1) 블록 인용(blockquote)

2) 단순 인용

G. 기타

1) 수학 기호 삽입

2) 글자에 색상 입히기(HTML 문서 한정)

(5) YAML 메타데이터

A. 문서의 제목

B. 저자

C. 날짜

D. 목차

E. 테마

F. 코드 접기

G. 출력(output)

(6) 코드 덩이

A. 코드 덩이 입력

B. 옵션